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酶设计入门(3 周)
目标:理解催化位点设计思路,用 LigandMPNN + Rosetta 能量验证完成一个入门级催化设计课题。
学习闭环
每周按「作业清单」自检 → 完成对应周自测(自动判分)→ 通过后进入下一周。全程不需要发邮件或留言板留言,测试系统会告诉你哪些知识点需要回去复习。
完整课程正文在面包多商品页阅读;网站自测注册会员即可免费做。
先摆正预期
酶设计是蛋白质设计里成功率最低、实验闭环最长、门槛最高的分支。3 周课程带你完整走一遍「催化几何定义 → 口袋序列设计 → 计算验证 → 进化衔接」的入门流程,产出的是值得送实验的计算候选与设计文档——不要期待第一轮就得到高活性新酶,那是领域内多年研究才做到的。
前置要求
已完成「de novo 实战」或等同能力(能跑 RFdiffusion + ProteinMPNN/LigandMPNN + ColabFold),并会用 ChimeraX 选择/导出残基与配体。
课程大纲
| 周 | 主题 | 核心产出 | 状态 |
| W1 | 酶设计原理:theozyme 与催化残基几何 | 设计目标描述 | ✅ 已上线 |
| W2 | 口袋设计:LigandMPNN 与底物结合 | 口袋设计候选 | ✅ 已上线 |
| W3 | 能量验证、进化衔接与复盘 | 候选酶设计包 | ✅ 已上线 |